1、水行政执法工作实行局长负责制，局长为水行政执法第一责任人。

2、分管副局长协助局长负责水行政执法工作，对局长负责。

3、水政水资源水土保持科为吉州区水利局法制机构，具体负责全区范围内水行政执法的管理、协调、监督及实施工作，由分管副局长负责；同时，负责全区水土保持工作，负责实施水土保持“三同时”制度，组织对水土流失治理的动态监测工作，负责河道采砂工作。

4、防汛抗旱办公室

负责《中华人民共和国防洪法》的宣传，贯彻和监督实施工作；负责督促防洪保安资金的征收工作。

5、水利工程管理科

负责水利工程建设管理方面的法规、规章、规范的监督实施工作；负责河道、涉河建设项目审查工作。

6、水资源管理办公室

承办全区水资源统一规划；拟定水资源保护规划；负责全区计划用水、节约用水工作；负责城市水源规划；负责水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖泊的水量、水质、审核水域纳污能力，对在河道新建、改建、扩建排污口进行审查；负责实施取水许可制度，依法审核，发放取水许可证，依法征收水资源费。

7、水政监察大队

负责协调解决全区范围水事纠纷；依法监督全区范围内河道采砂准采制度和水土保持“三同时”制度的实施。

依法监督保护全区范围内水、水域、水工程、水土保持和其它有关设施，维护正常的水事秩序，查处水事违法行为。

依法征收全区范围内河道采砂管理费，水土保持设施补偿费和水土流失防治费等水行政规费。